ESTA申請は、米国国土安全保障省（DHS）および税関・国境警備局（CBP）がセキュリティと入国適格性を審査し、承認の可否を決定します。
具体的な拒否理由は開示されませんが、一般的に以下のような理由で拒否される可能性があります。
1. パスポートに関する問題
- パスポート番号、発行国、氏名、生年月日などの重要情報の誤り
- 電子パスポート要件を満たしていない場合
2. 入国記録および滞在超過の違反
- 過去に米国で滞在期間を超過した履歴
- 米国への入国拒否記録
3. セキュリティおよび犯罪歴
- 犯罪歴
- テロまたは安全保障上の懸念
4. 特定国への渡航歴
- 2011年3月以降、イラン、イラク、シリア、北朝鮮、スーダン、リビア、イエメン、ソマリアへの渡航歴
- キューバ渡航歴またはキューバ国籍保有
5. ビザ免除プログラム（VWP）の要件不適合
- 観光、ビジネス、または乗り継ぎ以外の目的である場合
- 就労、留学、長期滞在を目的とした申請
上記のいずれにも当てはまらなくても、法執行上の問題や安全保障上のリスクがあると判断された場合、ESTAは拒否されることがあります。